Las islas Galápagos fueron descubiertas por casualidad 10 de marzo de 1535, cuando el religioso dominico Fray Tomás de Berlanga, entonces obispo de Panamá, se dirigía al Perú en cumplimiento de un encargo del monarca español, Carlos V para arbitrar en una disputa entre Francisco Pizarro y sus subordinados luego de la conquista del imperio Inca. A causa de las fuertes corrientes marinas, la nave del obispo fue arrastrada hasta las Galápagos.
Se estima que las islas se formaron hace 8 millones de años como resultado de actividad tectónica en el fondo marino.
Los primeros mapas en incluir las islas fueron los preparados por Abraham Ortelius y Mercator alrededor de 1570. Las islas estaban descritas como “Insulae de los Galopegos” (Islas de las Tortugas).
Las Galápagos fueron utilizadas por piratas ingleses como escondite en sus viajes de pillaje a los galeones españoles que llevaban oro y plata de América hacia España. El primer pirata que se conoce visitó las islas fue Richard Hawkins, en 1593. Desde entonces hasta 1816 muchos piratas llegaron al archipiélago.
Ecuador anexó las islas Galápagos el 12 de febrero de 1832 bajo el gobierno del General Juan José Flores, bautizándolas como Archipiélago de Colón. Este nombre se sumó a varios otros que se habían venido utilizando, y que en algunos casos aún se usan para referirse al archipiélago.
El viaje del Beagle trajo al barco de investigación británico bajo el mando del capitán Robert FitzRoy a Galápagos el 15 de septiembre de 1835 para investigar los accesos a los puertos. El capitán y otros a bordo, incluyendo el joven naturalista Charles Darwin, realizaron un estudio científico de la geología y biología, luego de su retorno a Inglaterra, Darwin se dio cuenta que los especímenes de aves que había capturado en las Galápagos no eran sino variedades de pinzones, que también diferían de isla a isla. Estos datos fueron cruciales en el desarrollo de la teoría de la evolución que Darwin presentó en su libro El Origen de las Especies.
Los intentos de colonización a fueron varios, entre ellos destaca el caso de Manuel J.Cobos, quien llevó del continente Ecuatoriano un grupo de más de cien trabajadores a la isla San Cristóbal para desarrollar una plantación de caña de azúcar. Dirigió su plantación con mano de hierro lo cual llevó a su asesinato en 1904.
Durante la Segunda Guerra Mundial Ecuador autorizó a Estados Unidos el establecimiento de una base naval en la isla Baltra y estaciones de radar en otras ubicaciones estratégicas con el fin de monitorear el Canal de Panamá.
La Unesco declaró a las Islas Galápagos como Patrimonio Natural de la Humanidad en 1979 y, seis años más tarde, como Reserva de la Biosfera en 1985, lo cual ha resultado en un creciente interés a nivel internacional por este archipiélago.
En el 2007 la Unesco declaró a las Islas Galápagos como Patrimonio de la Humanidad en riesgo medioambiental y está incluida en la Lista del Patrimonio de la Humanidad en peligro.